کلر و ترکیبات کلر، مانند هیپوکلریت سدیم و هیپوکلریت کلسیم، خیلی زیاد برای گندزدایی آبهای آشامیدنی بکار می روند. هنگامیکه کلرزنی بخوبی شناخته و بکار رود، روشی است عملی، بی خطر و موثر برای نابود ساختن ارگانیسم های بیماری زا.
گندزدایی آب با کلر چندین نفع ثانوی نیز دارد. کلر برای گندزدایی تانک های ذخیره و لوله های آب، برای اکسیداسیون آهن، منگنز و هیدروژن سولفوره و کنترل مزه ها ، بوها، آلگ ها و توده های شناور موجودات زنده مفید و موثر است.
پنج فاکتور در گندزدایی آب با کلر موثر است.
از بین رفتن ارگانیسم ها مستقیما متناسب با غلظت کلر و زمان تماس است. یعنی اگر غلظت کلر در آب کاهش یافت زمان تماس باید افزایش یابد یا برعکس تا در امکان نابودی میکروارگانیسم های آب تغییری حاصل نگردد. برای مثال، باقیمانده کلر ترکیبی که یک گندزدای ضعیفی است، در مقایسه با کلر باقیمانده آزاد به غلظت و زمان تماس بیشتری نیاز دارد تا میکروارگانیسم های آب را از بین ببرد.
معمولا مقدار کلر باقیمانده آزاد در منتهی الیه شبکه توزیع آب را باید حداقل به 0/3 میلیگرم در لیتر رسانید.
کارایی گندزدایی کلر به درجه حرارت نیز بستگی دارد. در حرارتهای پایین تر میکروب ها آهسته تر می میرند. در هر صورت کلر در آبهای سرد ثابت تر است و باقیمانده آن برای زمان طولانی تری در آب باقیمانده و تا اندازه ای سرعت کمتر گندزدایی را جبران می نماید.کلرزنی، در شرایطی که تمام فاکتورها برابر هستند، در آبهای دارای درجه حرارت بیشتر، موثرتر می باشد.
چون نسبت اسید هیپوکلریت بستگی به PH دارد، ببنابراین PH بر عمل گندزدایی کلر اثر می گذارد.
اسید هیپوکلرو در PH پایین کمی تجزیه می شود که بیشتر کلر باقیمانده به صورت HOCL است در صورتیکه در PH بالاتر بطور کامل تجزیه می گردد که یون هیپوکلریت بیشتر کلر باقیمانده آب می باشد.بیشتر اسید هیپوکلرو در PH=6-8/5 تجزیه می شود و حرارت اثر کمی در توزیع اسید هیپوکلرو و یون هیپوکلریت در PHهای مختلف دارد.
اثر گندزدایی کلر فقط بعد از تماس ارگانیسم ها با کلر، موثر است. کدورت، ذرات ریز و سایر ناخالصی های معلق در آب، مانع تماس کافی ارگانیسم ها با کلر شده و آنها را در برابر اثر کشندگی کلر حفظ می کند. بنابراین برای کلرزنی موثر آب، کدورت باید تا حداکثر ممکن بوسیله مراحل مختلف تصفیه، مانند انعقاد، تجمع ذرات و صاف کردن، کاهش یابد.