گندزدایی آب فرآیندی برای غیرفعال کردن پاتوژن های آب است. بیماری های منتقله از طریق آب در جدول زیر نشان داده شده اند. پاتوژن های منتقله از آب عبارتند از باکتری ها، ویروس ها، تک یاخته ها و تخم کرم ها. گندزدایی به دو طریق فیزیکی و شیمیایی انجام می شود. پرتودهی فرابنفش یک روش فیزیکی است که اخیرا مورد توجه قرار گرفته است زیرا در غیرفعال کردن کریپتوسپوریدیوم موثر است . معمول ترین گندزدایی شیمیایی کلر است. ترکیبات شیمیایی دیگری نیز هستند که از کلر آمین ها، دی اکسید کلر و ازن می توان نام برد.
در گندزدایی شیمیایی دو فاکتور خیلی مهم عبارتند از :
برای رسیدن به یک درصد حذف یکسان می توان غلظت ماده گندزدا را کمتر و زمان تماس را بیشتر گرفت و یا اینکه غلظت گندزدا را بیشتر و زمان تماس را کمتر در نظر گرفت.