با وجود آنکه بعضی از جلبک های رشته ای و قارچ های رشته ای در فرآیندهای لجن فعال وجود دارند، اغلب میکروارگانیسم های رشته ای باکتری ها هستند. این باکتری ها از سه راه وارد فرآیند لجن فعال می شوند:
این باکتری ها کارهای مثبت و منفی در فرآیند لجن فعال انجام می دهند، کارهای مثبت شامل:
کارهای منفی شامل:
میکروارگانیسم های رشته ای تولیدکننده کف شامل میکروتریکس پارویسلا، نوکاردیوفرم ها است. اینکه آیا این باکتری ها کارهای مثبت یا منفی را در لجن فعال انجام می دهند به وسیله فراوانی نسبی شان تعیین می شود. کارهای مثبت وقتی رخ می دهد که یک تا پنج باکتری رشته ای در اغلب ذرات فلاک وجود داشته باشد. از مشخصات باکتری های رشته ای و شرایط عملکردی آنها می توان به رشد نامطلوب و کند آنها و شرایط بهره برداری خاصی که برای کنترل رشد مطلوب این نوع باکتری ها لازم است، اشاره کرد.
با تشخیص و شناسایی میکروارگانیسم های رشته ای که مسئول ایجاد مشکلات بهره برداری هستند، شرایط بهره برداری که اجازه رشد نامطلوب و سریع ارگانیسم های رشته ای را می دهند، قابل شناسایی هستند. زمانیکه شرایط بهره برداری تشخیص داده شد، می توان آنها را برای کنترل رشد نامطلوب میکروارگانیسم های رشته ای تنظیم کرد.
معیارهای فعالیت برای کنترل باکتری های رشته ای و یا مشکلات فعالیت آنها به شرح ذیل است: