کلر در تصفیه فاضلاب در موارد زیر بکار برده می شود:
در مواردی که خطوط انتقال فاضلاب به تصفیه خانه طولانی باشد، برای جلوگیری از پیدایش بو بعلت گندیدگی فاضلاب در خط انتقال می توانیم از عوامل اکسیدکننده ای نظیر اکسیژن، ازن و کلر استفاده کنیم.
در حال حاضر تزریق کلر در اینگونه موارد نتایج خوبی داشته و با این کار توانسته اند از پیدایش بو در محل ورود فاضلاب خط انتقال به تصفیه خانه جلوگیری بعمل آورند.
پساب خروجی از اکثر تصفیه خانه های فاضلاب حاوی عوامل بیولوژیکی مختلفی هستند که ورود آن ها به محیط زیست و چرخه غذایی، می تواند برای سلامتی انسان یا سایر موجودات مخاطراتی به همراه داشته باشد. بنابراین باید قبل از تخلیه پساب به منابع پذیرنده، عوامل بیولوژیکی آن تا حد استاندار کاهش پیدا کند. از طرفی کارایی فرآیندهای مختلف تصفیه در این خصوص متفاوت است، ولی اکثر سیستم های تصفیه نمی توانند بدون بهره گیری از فرآیند گندزدایی به استاندار پساب خروجی دست پیدا کنند.