میکروارگانیسم اصلی که در تصفیه آب مهم هستند عبارتند از :
بطور تئوریکی غشاها قادرند باکتری ها و ویروس ها را حذف نمایند. اگر اندازه میکروارگانیسم کوچکتر از اندازه منافذ غشا باشد، براساس مکانیسم رانش اندازه حذف می شوند. اما چون غشا در PH متفاوت باردار می باشند، همیشه این قانون صادق نیست. غشاهای که در pH خنثی دارای بار مثبت می باشند، قادرند علیرغم داشتن منافذ بزرگتر از اندازه ویروس ها، ویروس های بار منفی بواسطه جاذبه الکترواستاتیک حذف نمایند. اما ممکن است در مواردی که بار ویروس و غشا همنام باشد، بواسطه دافعه یا رانش الکترواستاتیک حذف نمایند. در هر حال غشا قادرند گستره وسیعی از مواد بیولوژیکی و غیر بیولوژیکی از محیط های آبی حذف نمایند. اما گرفتگی غشاها حذف میکروارگانیسم ها را تحت تاثیر قرار می دهد.
کیست ژیاردیا لامبلیا و اووسیت کریپتوسپوریدیوم پارووم به گندزداهای شیمیایی مقاومند و حداقل 10 برابر بزرگتر از میزان جداسازی غشاهای UF و MF می باشند.
باکتری ها دارای اندازه 0.1 تا 100 میکرومتر می باشند بنابراین اندازه شان بزرگتر از میزان جداسازی غشا است بنابراین انتظار می رود به طور کامل از طریق غربالگری در غشا UF حذف شوند. به علاوه اغلب باکتری ها به طور کامل توسط غشا MF حذف می گردند. اندازه بعضی از گونه های باکتریایی نزدیک میزان جداسازی غشاهای MF می باشد. در این موارد، میزان جداسازی به علت ترکیبی از مکانیسم های غربالگری، حذف سطحی و صاف سازی کیکی می باشد.
قطر کوچک ترین ویروس 25 نانومتر است. با این اندازه، ویروس ها کوچکتر از میزان جداسازی غشا MF و نزدیک به UF می باشند. مکانیسم های حذف سطحی، غربالگری و صاف سازی کیکی در حذف ویروس ها توسط غشا MF دخیل اند. چندین مکانیسم در حذف ویروس ها توسط غشا UF مشارکت دارند.