رزین های تعویض یونی به صورت گسترده ای برای تهیه آب بدون یون با کیفیت بالا که عاری از هرگونه آلودگی باشد،بکار می روند. لکن در عمل ممکن است با مشکلاتی همراه باشند. انواع آلودگی رزین آنیونی و کاتیونی به شرح زیر است :
بسیاری از رزین های تعویض یونی تجاری در برخورد با یون های معدنی با وزن مولکوای کم، به خوبی عمل نمی نمایند و در برخورد با مولکول های سنگین آلی دچار مشکل می شوند. اصلی ترین مواد آلی محلول در آب،نمک های اسید هیومیک هستند.
گرادیان غلطت باعث نفوذ مواد آلی به قسمت مرکزی بدنه رزین آنیونی شده و علیرغم سرعت نفوذ کم مولکول های درشت، این مولکول ها در سراسر ساختمان رزین توزیع می گردند.
در جریان احیا رزین، مولکول های آلی به صورت ناقص حذف می شوند، چون گزینش پذیری رزین برای مولکول های درشت آلی زیاد بوده و طول مدت احیا کمتر از مدت زمان نفوذ مولکول از داخل رزین است.
رنگ رزین های آلوده به مواد آلی معمولا سیاه می باشد، در حالیکه رزین های سالم شفاف هستند.
عموما بوی آلاینده ها قابل تشخیص است. در این حالت چنانچه رزین با اسید یا آب نمک قلیایی تماس حاصل نماید،محلول رنگی حاصل خواهد شد.
عموما مقدار زیادی آهن با مواد آلی بر روی رزین های آنیونی جذب می شوند. برای این منظور می توان از اسیدکلریدریک 10?? و یا محلول سدیم دی تیونیت استفاده نمود که باعث کاهش یون موجود و تبدیل به فرم یون آهن دو ظرفیتی که بیشتر محلول است می گردد. اگر شستشو با آب نمک قلیایی ادامه یابد، نتایج بهتری حاصل می گردد.