کشاورزان بزرگ ترین مصرف کننده ی آب های شیرین هستند و در ایران به علت کمی بارندگی، نزدیک به 90 درصد آب شیرین کشور را بخود اختصاص می دهند. برای آبیاری کشاورزی، به ویژه وقتی محل آن در بیرون شهر باشد، تصفیه بیولوژیکی همراه با ته نشینی نهایی و گندزدایی کافی است.
از دید آلودگی میکروبی فاضلاب تصفیه شده باید نوع گیاه مورد آبیاری را به قرار زیر در نظر گرفت:
بعلت امکان تماس فاضلاب تصفیه شده با مردم چه از دید برخورد با بدن و یا آلودگی هوا، فاضلاب تصفیه شده باید نخست پیش از وارد شدن به شبکه پخش آن در شهر در تصفیه خانه مورد تصفیه ی پیشرفته قرار گیرد و دوم اینکه ساختمان شبکه ی پخش آن در شهر، چگونگی پخش آب و زمان آن با توجه به ضوابط ویژه ای انجام گیرد.
کلرزنی متداول ترین روش گندزدایی برای فاضلاب تصفیه شده است. اما در مورد کاربرد فاضلاب تصفیه شده در شهرها باید افزود که از نقطه نظر بهداشتی کنترل تعداد کلیفرم ها در فاضلاب تصفیه شده اهمیت ویژه ای دارد.
باید فاضلاب تصفیه شده را برای کاربردهای شهری و یا فرستادن به دریاچه ها و منبع های طبیعی، نخست کلرزدایی کرد و مقدار کلر را تا حدود نیم میلی گرم در لیتر کاهش داد که برای مردم و ماهی ها زیان آور نباشند.