معمولا بوی فاضلاب شهری ناشی از گازهای حاصل از تجزیه ی مواد آلی یا مواد افزوده شده به فاضلاب می باشد. فاضلاب تازه بویی متفاوت و تا حدی ناخوشایند دارد ولی بوی آن کمتر از فاضلابی است که به صورت بی هوازی ( بدون اکسیژن) تجزیه شده و آزار دهنده است.
بارزترین بوی فاضلاب مانده یا عفونی، بوی سولفید هیدروژن است که به وسیله احیا سولفات به سولفیت توسط میکروارگانیسم های بی هوازی به مشام می رسد. فاضلاب های صنعتی ممکن است دارای ترکیبات بودار بوده و یا ترکیبات بوداری را تولید کنند که در طی فرآیند تصفیه تولید می شوند.
یکی از مشکل های بهره برداری از سیستم های بی هوازی حذف بو مخصوصا بوهای ناشی از هیدروژن سولفید است. این بوها در غلظتی معادل 0/5 قسمت در میلیون قابل تشخیص و آزاردهنده است. بعد از زمان کوتاهی که در تماس با هیدروژن سولفید باشیم و سیستم بویایی ما با استنشاق دچار خستگی شود، به علت عدم درک بوهای غلیظ هیدروژن سولفید ممکن است انسان در معرض مسمومیت و بروز خطر قرار گیرد، از این رو بهتر است وجود گاز از طریق دستگاه های اندازه گیری تعیین شود تا سیستم بویایی انسان برحسب غلظت هیدروژن سولفید هر نوع نشتی از بیوگاز احتمالا با پیدایش بو توام است.
محتویات خروجی راکتور هم بدون شک دارای مقادیر کمی هیدروژن سولفید خواهد بود که هنگام جریان فاضلاب خروجی در جوبک ها رها خواهد شد. می توان محل های تخلیه ی فاضلاب خروجی مخصوصا نقاط رها شدن گازهای هیدروژن سولفید را به امکاناتی چون صافی زغالی یا سایر وسایل جذب گاز هیدروژن سولفید مجهز کرد تا از پخش آن در فضای اطراف ممانعت به عمل آید.
ممکن است برای جذب گاز هیدروژن سولفید از صافی های محتوی مواد آلی که در آن گازهای ورودی با میکروارگانیزم ها وارد فعل و انفعالاتی شده و با جذب مواد بو دار، هوای بدون بو را به بیرون هدایت می کند، استفاده کرد.
کشاورزان بزرگ ترین مصرف کننده ی آب های شیرین هستند و در ایران به علت کمی بارندگی، نزدیک به 90 درصد آب شیرین کشور را بخود اختصاص می دهند. برای آبیاری کشاورزی، به ویژه وقتی محل آن در بیرون شهر باشد، تصفیه بیولوژیکی همراه با ته نشینی نهایی و گندزدایی کافی است.
از دید آلودگی میکروبی فاضلاب تصفیه شده باید نوع گیاه مورد آبیاری را به قرار زیر در نظر گرفت:
بعلت امکان تماس فاضلاب تصفیه شده با مردم چه از دید برخورد با بدن و یا آلودگی هوا، فاضلاب تصفیه شده باید نخست پیش از وارد شدن به شبکه پخش آن در شهر در تصفیه خانه مورد تصفیه ی پیشرفته قرار گیرد و دوم اینکه ساختمان شبکه ی پخش آن در شهر، چگونگی پخش آب و زمان آن با توجه به ضوابط ویژه ای انجام گیرد.
کلرزنی متداول ترین روش گندزدایی برای فاضلاب تصفیه شده است. اما در مورد کاربرد فاضلاب تصفیه شده در شهرها باید افزود که از نقطه نظر بهداشتی کنترل تعداد کلیفرم ها در فاضلاب تصفیه شده اهمیت ویژه ای دارد.
باید فاضلاب تصفیه شده را برای کاربردهای شهری و یا فرستادن به دریاچه ها و منبع های طبیعی، نخست کلرزدایی کرد و مقدار کلر را تا حدود نیم میلی گرم در لیتر کاهش داد که برای مردم و ماهی ها زیان آور نباشند.