ازن مورد استفاده در پزشکی باید خالص باشد و میزان غلظت ازن باید توسط پزشک مورد تایید قرار بگیرد. کاربرد ازن در پزشکی برای از بین بردن باکتری، از بین بردن قارچ، و جلوگیری از رشد ویروس و ضدعفونی کردن زخم ها و همچنین درمان بیماری های باکتریایی و ویروسی استفاده می شود.
بیماری هایی که کاربرد ازن در معالجه آنها موثر است به شرح ذیل است: