مهمترین تفاوتی که می تواند فاضلاب صنعتی با فاضلاب بهداشتی داشته باشند عبارتند از:
تنها بخشی از فاضلاب کارخانه ها که تقریبا در تمام کارخانه ها خاصیت یکسان دارند، فاضلاب بدست آمده از تشکیلات خنک کننده ی آن ها است.
در فاضلاب برخی از کارخانه ها مانند کارخانه های بهره برداری از معادن، کارخانه های فولادسازی و کارخانه های شیمیایی بیشتر مواد خارجی را مواد معدنی تشکیل می دهند، در صورتی که در برخی دیگر از کارخانه ها مانند کارخانه های تهیه ی مواد غذایی و کارخانه ی نشاسته سازی بیشتر مواد خارجی در فاضلاب، مواد آلی هستند.
درجه ی آلودگی این فاضلاب ها می تواند گاهی چندین برابر و حتی ده ها برابر آلودگی فاضلاب های خانگی باشد.