رودخانه ها همواره جز اصلی ترین منابع تامین آب اجتماعات بشری بوده اند. از این رو، کیفیت آب رودخانه ها به طور وسیع مورد مطالعه قرار گرفته اند.
آب های سطحی به دو گروه :
آب ساکن
آب جاری
تقسیم می شوند.
رودخانه ها و نهرها را آب های جاری و دریاچه ها، مخازن و برکه ها را آب های ساکن می نامند. نهرها، کانال های طبیعی هستند که رواناب های سطحی و تراوش آب های زیرزمینی حوضه آبریز را جمع آوری می کنند.
در هیدرولوژی، نهرها برمبنای تعداد ریزابه های تشکیل دهنده آنها طبقه بندی می شوند. نهر مرتبه یک، اولین و کوچک ترین ریزابه است که بالادست نهر مرتبه دو قرار دارد. از ادغام حداقل دو نهر مرتبه یک، نهر مرتبه دو تشکیل می شود. نهر مرتبه سه نیز از ادغام حداقل دو نهر مرتبه دو تشکیل می شود. بهمین ترتیب، نهر مرتبه n از ترکیب حداقل دو نهر مرتبه n-1 به وجود می آید. معمولا به نهرهای مرتبه هفت و بزرگتر، رودخانه گفته می شود. رودخانه آمازون، بزرگترین رودخانه جهان،یک نهر مرتبه دوازده است
دبی هر رودخانه در طول سال متغیر است، به طوری که حداکثر آن در مدت پربارش و حداقل آن در مدت هوای خشک جاری است. رودخانه ای که همیشه در آن آب جریان دارد را رودخانه دائمی می نامند و دبی پایه چنین رودخانه ای ممکن است رواناب سطحی یا ذوب برف نباشد، بلکه از تراوش آب زیرزمینی و پساب تصفیه خانه فاضلاب باشد.
رودخانه ای که در مدت هوای خشک بدون آب باشد را رودخانه موقتی ( فصلی ) می نامند. سرعت های نوعی جریان آب در رودخانه ها بین 0/1 و 1/5 m/s، مرتبط با گسترده شیب بستر 0/02 تا 10 درصد است.
مشخصات و ویژگی های حوضه آبریز هر رودخانه تاثیر قابل ملاحظه ای روی دبی و کیفیت آب رودخانه دارد. معمولا در تابستان، با دمای زیاد و دبی کم، شرایط رودخانه بحرانی است و ظرفیت آلاینده پذیری آن به حداقل مقدار می رسد. ظرفیت آلاینده پذیری هر رودخانه، مقدار آلاینده ای است که می تواند بپذیرد، بی آنکه آثار سو بر آبزیان و انسان داشته باشد.
مهم ترین آلاینده های رودخانه ها را پاتوژن ها، مواد معلق، مواد اکسیژن خواه ( عمدتا مواد آلی زیست تخریب پذیر ) و مواد مغذی تشکیل می دهند.
پاتوژن های آب سطحی باعث مشکلات سلامت، از قبیل بیماری های پوستی و دستگاه گوارش می شوند. منشا پاتوژن های آب های سطحی عبارتند از : فاضلاب ها و پساب های تصفیه خانه ها، رواناب های شهری، زه آب های کشاورزی و فضولات حیوانی.
حضور مواد اکسیژن خواه در رودخانه باعث کاهش سطح اکسیژن محلول در پایین دست رودخانه می شود و عمدتا از طریق فاضلاب ها و پساب تصفیه خانه ها، رواناب های شهری و زه آب های کشاورزی وارد رودخانه ها می شود
ورود مواد مغذی، به خصوص نیتروژن و فسفر، در رودخانه ها منجر به رشد فراوان گیاهان آبزی، کاهش Do، کاهش جمعیت ماهیان مطلوب و نهایتا وقوع فرآیند بیش پرورش ( یوتروفیکاسیون ) می شود. تخلیه فاضلاب ها، پساب های تصفیه خانه ها، رواناب های شهری و زه آب های کشاورزی در رودخانه ها و نیز توسعه کشاورزی، جنگل داری و پارک در حریم رودخانه ها، باعث افزایش سطح مواد مغذی در آب می شود.
گسترده غلظت TDS در آب رودخانه های بزرگ بین 59 و 182 میلی گرم در لیتر و میانگین جهانی 120 میلی گرم در لیتر است.
در حالیکه در رودخانه های کوچک غلظت TDS ممکن است از کمتر از 50 میلی گرم در لیتر تا حدود 4000 میلی گرم در لیتر متغیر باشد.