گندزدایی فاضلاب هنگام بیرون آمدن از تصفیه خانه فرآیندی است اجباری و باید در هر حالتی که تصفیه خانه طرح شده باشد اجرا شود.
در صورتیکه تمام تاسیسات یک تصفیه خانه به درستی کار کنند، می توان در مرحله ی دوم تصفیه آلودگی فاضلاب را 90 تا 96 درصد کاهش داد و این کاهش آلودگی برای برقراری ضوابط لازم جهت دفع فاضلاب به منبع های طبیعی آب، حفظ بهداشت و پاک نگه داشتن محیط زیست کافی است. ولی در صورتیکه بخواهیم از فاضلاب تصفیه شده برای آبیاری فضاهای سبز درون شهرها استفاده کنیم، یک تصفیه ی پیشرفته که مرحله ی سوم را تشکیل دهد، لازم است.